Nel XVI secolo, dopo un riacutizzarsi dei dissidi tra Tivoli e Roma, si giunse infine alla pacificazione tra le due città.

Papa Adriano V sancì l’indipendenza della città dal Senato Romano, e contemporaneamente sancì anche la sua subordinazione alla Santa Sede. Nel settembre 1550 si insediò a Tivoli, come nuovo Governatore, il Cardinale Ippolito d’Este, che, innamorato del luogo, fece iniziare la costruzione della suntuosa Villa d’Este, terminata successivamente da suo nipote, il cardinale Luigi d’Este.

Nel corso degli anni e dei secoli che seguirono, si avvicendarono al governo della città una serie di cardinali, molto spesso indisciplinati ed invadenti, che, con luci ed ombre, caratterizzarono  il corso storico della città. Vari furono i periodi difficili e di recessione, sia per guerre, che per pestilenza, che per alluvioni e spesso anche per eccessiva tassazione imposta per finanziare guerre ed opere pubbliche.